Επτά χρόνια μετά τους Ολυμπιακούς Αγώνες της Αθήνας, το Υπουργείο Οικονομικών αποφάσισε να φορολογήσει τους εργαζόμενους του «Αθήνα 2004», οι οποίοι καλούνται να πληρώσουν αναδρομικά φόρο από 3000 μέχρι και 30000 ευρώ, για τα επιδόματα που έλαβαν.
Κατά μέσο όρο κάθε εργαζόμενος στους Ολυμπιακούς Αγώνες καλείται σήμερα να καταβάλει από 3.000 έως 30.000 ευρώ με σκοπό το ελληνικό δημόσιο να συγκεντρώσει περιπου 1,2 εκατ. ευρώ. Η έκτακτη φορολόγηση αφορά περίπου 1.670 εργαζόμενους και στόχος του υπουργείου είναι να συγκεντρώσει 1,2 εκατομμύρια ευρώ . Οι εργαζόμενοι μιλούν για «μια εξοντωτική απόφαση αφού τώρα πολλοί είμαστε άνεργοι. Επιπλέον όταν είχαμε αναλάβει αυτήν την εργασία μάς είχε δοθεί η ρητή διαβεβαίωση πως αυτά τα επιδόματα δεν θα φορολογηθούν».
Πράγματι στις 26 Σεπτεμβρίου 2002 η Οργανωτική Επιτροπή Ολυμπιακών Αγώνων «Αθήνα 2004» είχε συντάξει ομαδικό ασφαλιστήριο συμβόλαιο με ασφαλιστική εταιρία προκειμένου να παρέχει στο προσωπικό της μια εφάπαξ αποζημίωση, ούτως ώστε οι εργαζόμενοι να δεσμευτούν να παραμείνουν στην εταιρεία μέχρι και την ολοκλήρωση των Αγώνων, αλλά και ως «αντιστάθμισμα του δυσμενούς περιβάλλοντος εύρεσης εργασίας μετά το τέλος των Αγώνων», όπως χαρακτηριστικά αναφερόταν στο συμβόλαιο.
Το ύψος της αποζημίωσης ήταν συνάρτηση του μισθού του υπαλλήλου και του χρόνου απασχόλησής του στην Οργανωτική Επιτροπή, ενώ είχε όντως παρασχεθεί η διαβεβαίωση ότι το το προαναφερόμενο ποσό θα ήταν αφορολόγητο για το προσωπικό.
Μετά τους Ολυμπιακούς Αγώνες, η ασφαλιστική εταιρεία κατέθεσε ποσά από 4.000 έως 15.000 ευρώ στον λογαριασμό των υπαλλήλων, ενώ σε ορισμένα υψηλόβαθμα στελέχη το επίδομα αυτό άγγιζε τα 80.000 ευρώ.
Ωστόσο, με την απόφαση 1105 της 6ης Μαίου 2011 το υπουργείο Οικονομικών έκανε δεκτή την υπ'αριθ. 25/2011 γνωμοδότηση της Ολομέλειας του Νομικού Συμβουλίου του Κράτους και μετά από επτά χρόνια υποχρεώνει το προσωπικό της Οργανωτικής Επιτροπής του "ΑΘΗΝΑ 2004" να καταθέσει συμπληρωματικές φορολογικές δηλώσεις για τα έτη 2005 και 2006 (για τα εισοδήματα 2004 και 2005), προκειμένου να φορολογηθεί η ως άνω αποζημίωση ως εισόδημα από μισθωτές υπηρεσίες!