Την απόκτηση του Πιερ-Εμερίκ Ομπαμεγιάνγκ ανακοίνωσε η Μαρσέιγ, με τον στράικερ από την Γκαμπόν να υπογράφει στην ομάδα της Μασσαλίας αφού πέρασε με επιτυχία τις ιατρικές εξετάσεις.
Ο έμπειρος επιθετικός ξεκίνησε την καριέρα του στο γαλλικό πρωτάθλημα όπου φόρεσε διαδοχικά τις φανέλες των Ντιζόν, Λιλ, Μονακό και Σεντ Ετιέν, μετρώντας 41 γκολ σε 97 αγώνες.
Ομπαμεγιάνγκ: Η πρώτη φωτογραφία με τα χρώματα της Μαρσέιγ
Πανηγύρισε την κατάκτηση του Λιγκ Καπ Γαλλίας το 2013, χρονιά κατά την οποία κέρδισε επίσης το βραβείο "Marc-Vivien Foé" για τον καλύτερο Αφρικανό παίκτη στο πρωτάθλημα.
Στη συνέχεια έκανε το πρώτο μεγάλο βήμα στην καριέρα του υπογράφοντας στη Μπορούσια Ντόρτμουντ. Σε 4,5 χρόνια με το γερμανικό σύλλογο, ο Γκαμπονέζος διεθνής σημείωσε 141 γκολ και μοίρασε 36 ασίστ.
Ψηφίστηκε ως ο κορυφαίος παίκτης της Μπουντεσλίγκα τη σεζόν 2015-2016, αναδείχθηκε πρώτος σκόρερ στο πρωτάθλημα ένα χρόνο μετά και παραμένει μέχρι σήμερα ο κορυφαίος αλλοδαπός σκόρερ στην ιστορία των Βεστφαλών. Εκεί κατέκησε ακόμη δύο Σούπερ Καπ κι ένα Κύπελλο Γερμανίας.
Ομπαμεγιάνγκ: Η πορεία του στην Άρσεναλ και το αποτυχημένο πέρασμα από την Μπαρτσελόνα
Τον χειμώνα του 2018 υπέγραψε στην Άρσεναλ. Μετά από τέσσερα χρόνια κι 92 γκολ, ένα Κομιούνιτι Σιλντ, ένα Κύπελλο Αγγλίας κι ένα βραβείο πρώτου σκόρερ στην Πρέμιερ Λιγκ (σεζόν 2018-2019) που κέρδισε στην αγγλική πρωτεύουσα, ο Ομπαμεγιάνγκ έφυγε για την τσέλσι και από εκεί δανεικός για την Βαρκελώνη, όπου φορώντας την φανέλα της Μπαρτσελόνα στέφθηκε μεν πρωταθλητής Ισπανίας το 2023, χωρίς ωστόσο να βοηθήσει πρακτικά την ομάδα του, καθώς αγωνίστηκε ελάχιστα.