Σύμφωνα με το προεδρικό διάταγμα η Γενική Γραμματεία Ασφάλειας Ναυσιπλοϊας και κατ'επέκταση το Λιμενικό Σώμα που ανήκε στο πρώην υπουργείο Προστασίας του Πολίτη επιστρέφει στο επανασυσταθέν υπουργείο Ναυτιλίας. Παράλληλα παραμένουν στο υπουργείο Ναυτιλίας οι τρείς γενικές γραμματείες Ναυτιλίας, Αιγαίου και Λιμένων.
Σημειώνεται ότι η Γενική Διεύθυνση Αλιείας και το Επιχειρησιακό Πρόγραμμα Αλιείας που παλαιότερα ήταν υπο την εποπτεία του υπουργού Ναυτιλίας, έχουν παραμείνει στην ευθύνη του πρώην υπουργείου Ανάπτυξης Ανταγωνιστικότητας και Ναυτιλίας και αναμένεται σύντομα, σύμφωνα με πληροφορίες, να υπάρξει ρύθμιση για το θέμα.