Σαφείς αποστάσεις έλαβε η Ευρωπαϊκή Επιτροπή από τη δήλωση του επιτρόπου Μετανάστευσης, Εσωτερικών Υποθέσεων και Ιθαγένειας, Δημήτρη Αβραμόπουλου, ο οποίος δήλωσε ότι «η Συμφωνία των Πρεσπών δεν είναι ισόρροπη και ως εκ τούτου, προβληματική».
Ο εκπρόσωπος της Ευρωπαϊκής Επιτροπής Μαργαρίτης Σχοινάς είπε ότι η επίσημη θέση της Επιτροπής είναι αυτή που εκφράζεται από τον Πρόεδρό της Ζαν Κλοντ Γιούνκερ και από τους αρμόδιους Επιτρόπους, Φεντερίκα Μογκερίνι και ΓΙοχάνες Χαν, υπογραμμίζοντας παράλληλα ότι οι αποφάσεις στο Κολέγιο των Επιτρόπων πάρθηκαν ομόφωνα.
O M. Σχοινάς είπε ότι η θέση της Επιτροπής είναι ότι οι Πρέσπες είναι μια «σημαντική» Συμφωνία, η οποία επιλύει μία από τις παλαιότερες διαμάχες στην περιοχή και δίνει την ευκαιρία να ξεπεραστεί το παρελθόν και να υπάρξει συμφιλίωση όχι μόνο στην περιοχή αλλά και για την Ευρώπη στο σύνολό της. Πρόσθεσε, ότι η Επιτροπή παρακολουθεί τις διαδικασίες για την υλοποίηση της Συμφωνίας και τόνισε ότι αυτό που τώρα έχει σημασία είναι η ψηφοφορία στη Βουλή των Ελλήνων.