Την έντονη αντίδραση του Οικουμενικού Πατριάρχη προκάλεσε η μη ενημέρωσή του για τη συμφωνία Τσίπρα-Ιερώνυμου για τις σχέσεις Κράτους-Εκκλησίας.
Η πρώτη επίσημη αντίδραση από το Φανάρι ήρθε πριν από λίγο, καθώς,, ο Οικουμενικός Πατριάρχης Βαρθολομαίος κάλεσε την γενική πρόξενο της Ελλάδας Γεωργία Σουλτανόπουλου για να ζητήσει από την Αθήνα να ενημερωθεί για τη συμφωνία Ιερώνυμου – Τσίπρα.
Σύμφωνα με πληροφορίες που μετέδωσε ο ΣΚΑΪ, στην πρόξενο εκφράστηκε σε έντονο ύφος ή απορία γιατί το Φανάρι δεν ενημερώθηκε από την πολιτεία για το προωθούμενο σχέδιο στο χώρο της Εκκλησίας που αφορά κληρικούς και μητροπόλεις της δικαιοδοσίας του.
Αξίζει να σημειωθεί ότι από το δημόσιο μισθοδοτούνται περίπου 1400 αρχιερείς και κληρικοί από την Εκκλησία της Κρήτης και τις μητροπόλεις των Δωδεκανήσων, που υπάγονται απευθείας στο Φανάρι και δεν μπορούν να δεσμευθούν από τις αποφάσεις της ιεραρχίας, που θα συνέλθει εκτάκτως στις 16 Νοεμβρίου.
Επίσης αν και οι 36 μητροπόλεις της Β. Ελλάδος (Νέες Χώρες) έχουν παραχωρηθεί διοικητικά με τον πατριαρχικό τόμο του 1928 στην Εκκλησία της Ελλάδος, ακόμη διατηρούν την πνευματική τους σύνδεση με το Φανάρι. Ενδεικτικό είναι ότι ο Πατριάρχης ζητά εκ περιτροπής από τους μητροπολίτες των Νέων Χωρών, να παρίστανται στις εργασίες της Συνόδου του Φαναρίου.