Τουλάχιστον προβληματισμός αν όχι ανησυχία επικρατεί στην Λευκωσία για τις επιπτώσεις από την αποχώρηση Κοτζιά απο το υπουργείο Εξωτερικών, καθώς εντός των προσεχών μηνών υπάρχουν πολύ κρίσιμα ραντεβού, και ο Κοτζιάς ήταν «ο βασικός παίκτης όλων των πρωτοβουλιών και γεωπολιτικών κινήσεων».
Οπως γράφει στην ανάλυσή της η εφημερίδα Φιλελεύθερος «η παραίτησή του δεν έχει τα χαρακτηριστικά μιας περίπτωσης που καταλήγει σε μια απλή αντικατάσταση υπουργού, καθώς ο Νίκος Κοτζιάς είχε ρόλο διαμορφωτή, εκφραστή και διαχειριστή της εξωτερικής πολιτικής της Ελλάδος, που επηρέαζε και την Κύπρο». Ενώ προσθέτει ότι ο Νίκος Κοτζιάς έβλεπε την μεγάλη εικόνα και είχε εμπειρία
Αναφορικά με την Κύπρο τα ζητήματα που προκύπτουν είναι, μεταξύ άλλων, τα εξής:
Πρώτο, ποιός θα εκπροσωπήσει την Ελλάδα στο προγραμματισμένο ταξίδι στην Ουάσινγκτον και στην συνάντηση με τον Αμερικανό ομόλογό του Μάικ Πομπέο στις 13 Δεκεμβρίου. Σημειώνεται ότι θα προηγηθεί η επίσκεψη, εντός Νοεμβρίου, του Κύπριου υπουργού Εξωτερικών Νίκου Χριστοδουλίδη στην αμερικανική πρωτεύουσα για συνομιλίες με τον κ. Πομπέο.
Δεύτερο, θα ακολουθήσει η τετραμερής συνάντηση ΗΠΑ, Ελλάδος, Κύπρου, Ισραήλ τον Δεκέμβριο, στην Ουάσινγκτον, σε επίπεδο υπουργών Εξωτερικών. Το ραντεβού θεωρείται εξαιρετικά κρίσιμο για τις εξελίξεις στην Ανατολική Μεσόγειο.
Τρίτο, οι διεργασίες στο Κυπριακό ενδεχομένως να φθάσουν στην κορύφωσή τους τους επόμενους μήνες. Ο Νίκος Κοτζιάς, αναφέρει ο Φιλελεύθερος, διαχειριζόταν προσωπικά το Κυπριακό. Είχε εμπλοκή στη διαμόρφωση της πολιτικής και των τακτικών κινήσεων. Ήταν ο διαμορφωτής της πρότασης για την Ασφάλεια, την πρώτη και μοναδική συνολική και ολοκληρωμένη που έχει κατατεθεί. Είναι αρχιτέκτονας της πρότασης και αυτός που προσωπικά ανέλαβε να την προωθήσει.
Η πρόταση για την Ασφάλεια αποτελεί πλέον κεκτημένο της διαδικασίας και των συζητήσεων. Είναι στο τραπέζι ανεξαρτήτως εάν η τουρκική πλευρά δεν την αποδέχεται. Την αντιμετωπίζει δε θετικά ο Οργανισμός Ηνωμένων Εθνών. Το ζητούμενο είναι κατά πόσο η διαχείριση που θα γίνει εφεξής και από ποιόν, αν θα διατηρήσει στην ατζέντα αυτή την πρόταση. Κι αυτό αφορά την Αθήνα και τον διάδοχο του Νίκου Κοτζιά.
Τέταρτο, η ανάπτυξη, διεύρυνση των τριμερών συνεργασιών με χώρες της περιοχής. Οι σχεδιασμοί των τελευταίων μηνών διαμορφώνουν νέα δεδομένα με εμπλοκή και νέων χωρών, ενώ ταυτόχρονα δημιουργούνται οι βάσεις, υποδομές και μηχανισμοί εφαρμογής αποφάσεων, όπως είναι η Γραμματεία που θα εδρεύει στη Λευκωσία.
Σύμφωνα με πληροφορίες που έχουν φθάσει στην Λευκωσία, σε πρώτο διάστημα, στο ελληνικό Υπουργείο Εξωτερικών θα αναλάβει αναβαθμισμένο ρόλο ο διπλωματικός σύμβουλος του Πρωθυπουργού Βαγγέλης Καλπαδάκης. Ρόλο-κλειδί θα μπορεί να διαδραματίσει και ο γγ του υπουργείου Εξωτερικών Δημήτριος Παρασκευόπουλος , που διαθέτει πλούσια εμπειρία, είναι όμως υπηρεσιακός.