Αρνητική ήταν η απόφαση της τουρκικής Δικαιοσύνης, επί της προσφυγής, με την οποία εζητείτο η Αγία Σοφία απο Μουσείο να μετατραπεί σε τζαμί.
Η προσφυγή για τη μετατροπή του Μνημείου Παγκόσμιας Κληρονομιάς της UNESCO έγινε το 2015, από την τουρκική Μη Κυβερνητική Οργάνωση «Προστασία Ιστορικών Μνημείων και Περιβάλλοντος».
Η Υπηρεσία Ιστορικών Μνημείων και Περιβάλλοντος είχε κάνει προσφυγή το 2015, αναφέροντας ότι η άρνηση του αιτήματος για μετατροπή σε τζαμί παραβιάζει τη θρησκευτική ελευθερία. Η συγκεκριμένη Υπηρεσία είναι ιδιωτικός οργανισμός, που αρχικά το 2004 είχε ασκήσει πιέσεις στην κυβέρνηση για ανάληψη νομοθετικών πρωτοβουλιών προκειμένου η Αγία Σοφία να λειτουργήσει ως τέμενος. Σε αυτές τις κινήσεις δεν ειχε βρει ανταπόκριση από την ηγεσία αλλά επέμεινε, προσφεύγοντας στο Συμβούλιο της Επικρατείας το 2005, που απέρριψε το αίτημά της. Στη συνέχεια ακολούθησε η προσφυγή στο Συνταγματικό Δικαστήριο.
Τα τελευταία χρόνια, κάθε Μάιο πλήθος μουσουλμάνων γεμίζουν την πλατεία Σουλτάν Αχμέτ όπου βρίσκεται η Αγία Σοφία για να γιορτάσουν την επέτειο της Άλωσης, ζητώντας παράλληλα την επαναλειτουργία της ως τέμενος. Σημειωτέον ότι η Αγία Σοφία σταμάτησε να λειτουργεί ως μουσουλμανικό τέμενος με απόφαση του Κεμάλ Ατατούρκ.