Μετά την Εκκλησία της Ελλάδος, σκυτάλη πήρε η Μητρόπολη Πειραιά και ο Μητροπολίτης Σεραφείμ, η Πανελλήνια Ένωση Θεολόγων και δύο γονείς, ζητώντας με την αίτηση τους την ακύρωση του νέου οργανισμού του υπουργείου Παιδείας (Π.Δ. 18/2018) κατά το σκέλος εκείνο που αφαιρέθηκε από την αποστολή του εν λόγω υπουργείου η «ανάπτυξη της θρησκευτικής συνείδησης».
Με δύο λόγια σύμφωνα με το ΠΔ το υπουργείο δεν είναι αρμόδιο για την επίμαχη αποστολή, γεγονός που προκαλεί την αντίδραση των προσφευγόντων. Σύμφωνα με τον παλαιότερο οργανισμό του υπουργείου Παιδείας, αποστολή του ήταν «η προαγωγή της παιδείας με σκοπό την ηθική, πνευματική, επαγγελματική και φυσική αγωγή των Ελλήνων, την ανάπτυξη της εθνικής και θρησκευτικής συνείδησης και την διάπλασή τους σε ελεύθερους και υπεύθυνους πολίτες».
Στην προσφυγή της, η Ιερά Μητρόπολη Πειραιά, υποστηρίζει ότι είναι αντίθετη τόσο στο άρθρο 16 του Συντάγματος, όσο και στην Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΣΔΑ), η παράλειψη του νέου οργανισμού του υπουργείου Παιδείας να εντάξει την ανάπτυξη της θρησκευτικής συνείδησης στους σκοπούς του υπουργείου. Ακόμη, αναφέρει ότι σύμφωνα με το Σύνταγμα η «κρατική αποστολή της θρησκευτικής εκπαίδευσης των νέων αφορά σε μείζονα βαθμό τα μέλη της Εκκλησίας της Ελλάδος».
Όπως επισημαίνεται στην αίτηση ακύρωσης, σύμφωνα με το άρθρο 16 του Συντάγματος το κράτος και ειδικότερα το υπουργείο Παιδείας, οφείλει να δρα για την ανάπτυξη της θρησκευτικής συνειδήσεως των Ελληνοπαίδων μέσω του μαθήματος των θρησκευτικών, ώστε να διδάσκεται σε ικανό αριθμό ωρών εβδομαδιαίως, «επί τη βάσει αποκλειστικών και μόνον των αρχών των δογμάτων, της διδασκαλίας και των Ιερών παραδόσεων της ορθοδοξίας».