Σημαντικά βελτιωμένη είναι η κερδοφορία των περισσότερων από τα δέκα περιφερειακά λιμάνια, που λειτουργούν με τη μορφή της Ανώνυμης Εταιρείας και έχουν μοναδικό μέτοχο το ΤΑΙΠΕΔ.
Ο μέσος όρος αύξησης των εννέα λιμανιών- χωρίς την Πάτρα που καταγράφει ζημιές λόγω διαγραφών παγίων- με βάση τα Διεθνή Λογιστικά Πρότυπα ανέρχεται στο 112%.
Η αύξηση των δεικτών κερδοφορίας, σύμφωνα με το Ταμείο, συνιστά αποτέλεσμα της ορθής διαχείρισης, της περιστολής του κόστους, της βελτιστοποίησης των λειτουργιών και της εφαρμογής καλών πρακτικών διοίκησης.
Η Πάτρα έκλεισε με κέρδη το 2016, ωστόσο η τόσο μεγάλη διαφορά προκύπτει από λογιστικές εγγραφές παγίων στοιχείων του έτους 2015, όπου ο Οργανισμός παρουσίασε ζημία -12.384.127 €.
Σε επίπεδο κύκλου εργασιών, έξι λιμάνια (Βόλος, Ελευσίνα, Καβάλα, Κέρκυρα, Ραφήνα, Αλεξανδρούπολη) καταγράφουν θετικό πρόσημο για το 2016