Τις εκτιμήσεις του για το κόστος του πολυνομοσχεδίου καταγράφει το Γενικό Λογιστήριο του κράτους στη σχετική έκθεση.
Για τα ακίνητα προβλέπει ετήσια αύξηση εσόδων, από το έτος 2016 και μετά, για δύο λόγους::
- Της αύξησης των φορολογικών συντελεστών για το εισόδημα από ακίνητη περιουσία. Η αύξηση εσόδων από την αιτία αυτή εκτιμάται στο ποσό των 200 εκατ. ευρώ σε ετήσια βάση.
- Της κατάργησης της διάταξης σχετικά με την δυνατότητα της δωρεάν εκχώρησης προς το Δημόσιο των ανείσπρακτων εισοδημάτων από εκμίσθωση ακίνητης περιουσίας και τη συνακόλουθη μη φορολόγηση τους.
Ωστόσο, όπως σημειώνει το Euro2day.gr, «βαρίδι» για τον προϋπολογισμό παραμένει ο ΟΣΕ, λόγω της υποκατάστασής του από το Ελληνικό Δημόσιο έναντι της EUROFIMA και την ως εκ τούτου ανάληψη των υποχρεώσεων που απορρέουν από τις σχετικές συμβάσεις. Οι εν λόγω υποχρεώσεις συνίστανται στην αποπληρωμή των δανείων του ΟΣΕ ύψους 367 εκατ. ευρώ περίπου (κεφάλαιο 315 εκατ. ευρώ και 52 εκατ. ευρώ τόκοι, κατά προσέγγιση).
Προβλέπεται επίσης μελλοντική δαπάνη ύψους 50.000.000 ευρώ για το έτος 2020 από την καταβολή αποζημίωσης στην ΤΡΑΙΝΟΣΕ Α.Ε. για την παροχή υπηρεσιών ΥΔΥ στις επιβατικές σιδηροδρομικές μεταφορές, πλέον των αναλογούντων φόρων.
Ο τελικός λογαριασμός πάντως παραμένει άγνωστος αφού για πολλά από τα μέτρα το ΓΛΚ δεν προχωρά σε συγκεκριμένες αποτιμήσεις κόστους-οφέλους, λόγω ανεπάρκειας συγκεκριμένων στοιχείων.