Παρέμβαση κατά του Θεοδόση Πελεγρίνη έκανε η πρώην υπουργός Παιδείας Αννα Διαμαντοπούλου μετά την κατηγορία του ότι το Συμβούλιο Διοίκησης λειτουργεί ως «Πέμπτη Φάλαγγα», ενώ παράλληλα κάνει λόγο και για απαράδεκτους χειρισμούς της κυβέρνησης.
Σε ανάρτηση της στον προσωπικό της λογαριασμό στο facebook με τίτλο «Η ύβρις ενός επικίνδυνου Πρύτανη», η Αννα Διαμαντοπούλου αναφέρει χαρακτηριστικά:
«Με το Πανεπιστήμιο κλειστό, τους φοιτητές απογοητευμένους και τους γονείς σε απόγνωση, το επιστημονικό προσωπικό σε υποχρεωτική αργία και τους διοικητικούς στο δρόμο, ο κ. Πελεγρίνης επιλέγει την ευθεία προσβολή θεσμών και προσώπων χαρακτηρίζοντας , τα Συμβούλια Διοίκησης των ΑΕΙ, ως «πέμπτη φάλαγγα του Φράνκο».
Προσβάλλει τους διακόσιους εξήντα Βουλευτές που στήριξαν μια μεγάλη μεταρρύθμιση και θεσμοθέτησαν τα συμβούλια.
Προσβάλλει τα πεντακόσια και πλέον μέλη των Συμβουλίων των ΑΕΙ της Χώρας, προσωπικότητες με διεθνή καταξίωση που απoφάσισαν να προσφέρουν ανιδιοτελώς στην προσπάθεια πατρίδα για την αναβάθμιση της ανώτατης παιδείας μας, και καταξιωμένους καθηγητές που με διαφανείς διαδικασίες εξέλεξαν οι συνάδελφοι τους σε κάθε Ίδρυμα.
Οι απαράδεκτοι χειρισμοί της Κυβέρνησης στα θέματα της παιδείας, από την ανάληψη των καθηκόντων της και οι τουλάχιστον ατυχείς νομοθετικές πρωτοβουλίες και επιλογές σε πρόσωπα , δεν απαλλάσσουν τον κ. πρύτανη από τις ευθύνες του για την αποτελεσματική διοίκηση του πανεπιστημίου, το οποίο παραμένει και θα μπορούσε σήμερα να είναι απολύτως «αυτοδιοίκητο», αν επεδείκνυε σεβασμό στους νόμους και την εκ καθήκοντος πιστή εφαρμογή τους.
Για παράδειγμα:
Αν κάθε ΑΕΙ είχε καταρτίσει τον «Οργανισμό» και τον «Κανονισμό Λειτουργίας» του Ιδρύματος , όπως προέβλεπε ο Ν. 4009/2011, και στους χρόνους που αυτός προέβλεπε, θα είχε προ πολλού κατοχυρώσει πλήρως την εύρυθμη λειτουργία του και μαζί τις θέσεις του διοικητικού προσωπικού που θεωρούσε αναγκαίες και σήμερα χάνονται.
Αυτά ας τα λάβουν υπόψη όσοι προτιμούν την εξυπηρέτηση μικροκομματικών στοχεύσεων από την πραγματική υπηρέτηση του υψηλής ποιότητας, δημόσιου πανεπιστημίου, για όλους».