Παρατηρήσεις και προβληματισμούς σε άρθρα του πολυνομοσχεδίου διατυπώνει η έκθεση του επιστημονικού συμβουλίου της Βουλής.
Στο άρθρο 76 -που αφορά στο Παρατηρητήριο Οικονομικής Αυτοτέλειας των ΟΤΑ, άρθρο για το οποίο διαφωνούν οι δήμαρχοι- στην έκθεση επισημαίνεται ότι η προτεινόμενη ρύθμιση εγείρει προβληματισμό για το εάν οδηγεί σε περιορισμό ή κάμψη της διοικητικής και οικονομικής αυτοτέλειας των ΟΤΑ.
Τα μέλη του συμβουλίου προσθέτουν δε ότι οι ΟΤΑ έχουν τεκμήριο αρμοδιότητας επί των τοπικών υποθέσεων, το οποίο θεμελιώνεται απευθείας από το Σύνταγμα και αυτοτέλεια των τοπικών τους αρχών, οι οποίες εποπτεύονται από την κεντρική διοίκηση μόνο ως προς τη νομιμότητα των πράξεων ή παραλείψεων τους και όχι προς την σκοπιμότητά τους και αναφέρουν συγκεκριμένα ότι «Οι παρεμβάσεις δεν φαίνεται να συνάδουν με τις εγγυήσεις του άρθρου 102 του Συντάγματος».
Στο άρθρο 90 που προβλέπει τη διαθεσιμότητα, στην έκθεση εκφράζεται αντίρρηση για την γενική εξουσιοδότηση που δίνεται σε υπουργούς να καταργούν θέσεις ανά κατηγορία κλάδο, ή ειδικότητα σε υπουργεία, και λοιπές δομές του δημόσιου και ευρύτερου δημόσιου τομέα, και επισημαίνεται ότι για να είναι συνταγματική επιτρεπτή η νομοθετική εξουσιοδότηση πρέπει να είναι ειδική και ορισμένη.
Ειδικότερα, δε για την σύσταση ή κατάργηση θέσεων σε ΟΤΑ α και β βαθμού, αναφέρεται ότι αυτό συνιστά περιορισμό ή κάμψη της αυτοτέλειας των δήμων.
Εντάσεις υπάρχουν και για το άρθρο που προβλέπει ασυλία στα μέλη του ΤΧΣ για αστικές και ποινικές υποθέσεις ,όμως το συγκεκριμένο άρθρο η κυβέρνηση έχει δεσμευθεί ότι θα το αποσύρει.