Τρία τμήματα του ΤΕΙ Ηπείρου τίθενται εκτός μηχανογραφικού δελτίου. Πρόκειται για το «Ζωικής Παραγωγής» με έδρα την Άρτα, το «Ιχθυοκομίας- Αλιείας» με έδρα την Ηγουμενίτσα και το «Τουριστικών επιχειρήσεων», με έδρα επίσης την Ηγουμενίτσα. Συνολικά στα τμήματα του ΤΕΙ Ηπείρου θα εισαχθούν φέτος 2.090 υποψήφιοι και στο Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων 2750 υποψήφιοι.
Η Διοίκηση του ΤΕΙ Ηπείρου βλέποντας την εξέλιξη αυτή τονίζει ότι πλήττεται η δυναμική ακαδημαική του υπόσταση. Αναλυτικά στην ανακοίνωση αναφέρει:
«Το ΤΕΙ Ηπείρου αναγνωρίζοντας το επιστημονικό κύρος και έργο των Τμημάτων Ζωικής Παραγωγής, Ιχθυοκομίας-Αλιείας και Τουριστικών Επιχειρήσεων και τη σύνδεση τους με την αναπτυξιακή προοπτική της Ελλάδας, και της Ηπείρου ειδικότερα, θεωρώντας, παράλληλα, ότι οι πρότερες αποφάσεις του Υπουργείου Παιδείας Δια Βίου Μάθησης και Θρησκευμάτων στερούνταν αντικειμενικής κρίσης και πραγματικών επιστημονικών δεδομένων, όντας άδικες, στηρίζει και προωθεί την άμεση επανένταξη των τριών Τμημάτων Ζωικής Παραγωγής, Ιχθυοκομίας-Αλιείας και Τουριστικών Επιχειρήσεων στο μηχανογραφικό δελτίο για το επόμενο ακαδημαϊκό έτος 2012-2013 με τον αριθμό των υποψηφίων που έχουν καθορίσει τα ίδια τα Τμήματα και έχει ήδη αποσταλεί στο Υπουργείου Παιδείας Διά Βίου Μάθησης και Θρησκευμάτων.
Το ΤΕΙ Ηπείρου θεωρεί ότι πλήττεται η δυναμική ακαδημαϊκή του υπόσταση με την απουσία των συγκεκριμένων Τμημάτων από την οργανωτική του δομή».