Μυθικοί ήρωες, αρχαίοι θεοί και βασιλιάδες, αλλά και γεωλογικά χαρακτηριστικά αποτέλεσαν έμπνευση για την ονομασία πολλών ελληνικών νησιών.
Σαντορίνη: Το όνομα Θήρα προέρχεται από τον αρχαίο Σπαρτιάτη Θήραν που αποίκησε πρώτος το νησί. Το όνομα Σαντορίνη προέρχεται από τους διερχόμενους Φράγκους Σταυροφόρους, οι οποίοι κατά το πέρασμα τους στέκονταν για ανεφοδιασμό κοντά σε εκκλησία της Αγίας Ειρήνης, η οποία υπήρχε στο νησί.
Κέρκυρα: Με το πέρασμα των αιώνων το νησί πήρε πολλά ονόματα μέχρι να αποκτήσει το σημερινό Κέρκυρα που οφείλεται στην νύμφη Κέρκυρα κόρη του ποταμού Ασωπού. Ο θεός Ποσειδώνας αγάπησε την κοπέλα, την έφερε στο νησί και του έδωσε το όνομά της, ενώ από τον ερωτά τους γεννήθηκε ο Φαίακας, μυθικός γενάρχης των Φαιάκων.
Κρήτη: Κρήτη ονομαζόταν μία από τις νύμφες που φύλαγαν τα χρυσά μήλα των Εσπερίδων στον κήπο των θεών και, σύμφωνα με τη μυθολογία, από τη νύμφη αυτή πήρε το όνομά του και το νησί.
Ανάφη: Σύμφωνα με την Ελληνική Μυθολογία οι Αργοναύτες επιστρέφοντας στη πατρίδα τους από την Κολχίδα έπεσαν σε καταιγίδα και παρακάλεσαν τον θεό Απόλλωνα να τους σώσει. Ο Απόλλωνας ανταποκρίθηκε στις εκκλήσεις τους και είδαν μπροστά τους να ξεπροβάλει (αναφαίνεται) από τη θάλασσα ολόκληρο νησί, στο οποίο και τελικά βρήκαν καταφύγιο. Οι ντόπιοι πάντως υποστηρίζουν ότι το νησί ονομάζεται έτσι, επειδή δεν έχει φίδια.
Φολέγανδρος: Για την προέλευση του ονόματος της Φολεγάνδρου υπάρχουν δύο εκδοχές: Σύμφωνα με την πρώτη , το όνομα προέρχεται από τη φοινικική λέξη phelekgundari («helekgundari») που σημαίνει «πετρώδης γη». Κατά τη δεύτερη εκδοχή το νησί πήρε το όνομά του από τον πρώτο του μυθολογικό οικιστή, τον Φολέγανδρο, γιο του βασιλιά της Κρήτης Μίνωα.
Νάξος: Δύο είναι οι βασικές θεωρίες για την ονομασία του νησιού. Είτε ονομάστηκε έτσι προς τιμή του Νάξου, ηγεμόνα των πρώτων αποίκων του νησιού, ή το όνομα της προέρχεται από την αρχαία ελληνική λέξη νάξαι, που σημαίνει θύσαι, λόγω των πολλών θυσιών που γίνονταν εκεί προς τιμή των θεών.
Σκιάθος: Το όνομα της Σκιάθου, φημολογείται ότι προέρχεται από τις λέξεις «σκιά» και «Άθως», καθώς το νησί βρίσκεται γεωγραφικά -και μεταφορικά- στην σκιά του Αγίου Όρους.
Μύκονος: Το νησί πήρε το όνομά του από των ήρωα Μύκονο, απόγονο του μυθικού βασιλιά της Δήλου Ανίου.
Σκύρος: Το νησί πήρε την ονομασία του από το άγριο πετρώδες έδαφός του. «Σκίρον» ή «σκύρον» σημαίνει «συντρίμμια πέτρας».
Λέρος: Το μεγαλύτερο μέρος της Λέρου είναι σχετικά επίπεδο και με χαμηλά βουνά, για αυτό το νησί πήρε το όνομά του από την αρχαία ελληνική λέξη «λέρος» που σημαίνει ομαλός, επίπεδος.