Ο νέος Γενικός Γραμματέας Πολιτικής Προστασίας, ήρθε σε αντιπαράθεση με τον Βαγγέλη Βενιζέλο, το 2013, την εποχή που ήταν υπεύθυνος του Σύριζα για τα θέματα Αμυνας.
Αλλωστε στην συνέχεια υπήρξε και γενικός γραμματέας του υπουργείου Αμυνας, θέση από την οποία παραιτήθηκε προκειμένου να αναλάβει τη θέση του Γενικού Γραμματέα Ψηφιακής Πολιτικής. Ο κ. Ταφύλλης, είναι στέλεχος του Σύριζα και υπήρξε υποψήφιος βουλευτής.
Το 2013 ο Βαγγέλης Βενιζέλος τον κατηγόρησε οτι έχει εμπλακεί σε υποθέσεις με Αντισταθμιστικά Ωφελήματα και εξοπλιστικά προγράμματα. Εξαπέλυσε μάλιστα επίθεση εναντίον του στην Βουλή, με αφορμή τα Ναυπηγεία Σκαραμαγκά.
Ο τότε αντιπρόεδρος της κυβέρνησης και υπουργός Εξωτερικών είχε πεί τότε πως «ο νέος ΣΥΡΙΖΑ είναι πολύ γερασμένος, εντυπωσιακά γερασμένος», καταγγέλλοντας ότι ο απόστρατος Γιάννης Ταφύλλης, υπεύθυνος του ΣΥΡΙΖΑ τότε για τα θέματα Άμυνας, «έχει μακρά δραστηριότητα στα αντισταθμιστικά ωφελήματα». «Δεν λέω ότι έχει κάνει κάτι κακό, παράνομο, πάντως είναι μία διαβολική σύμπτωση», παρατήρησε.
Υπενθυμίζουμε τον σχετικό διάλογο:
ΒΕΝΙΖΕΛΟΣ: «Ο υπεύθυνος του τομέα Άμυνας του ΣΥΡΙΖΑ, Ιωάννης Ταφύλλης, που συνόδευε τον κ. Τσίπρα στα ναυπηγεία, είναι άνθρωπος με μακρά δραστηριότητα στο χώρο των αντισταθμιστικών ωφελημάτων, και έχει πολύ μεγάλη αντιδικία με το υπουργείο Άμυνας γιατί έχει προσφέρει τις υπηρεσίες του σε εταιρείες που ετοίμαζαν λογισμικό για την Αεροπορία»
ΤΣΙΠΡΑΣ: Αφήσατε και αήθη υπονοούμενα για έναν εξαίρετο αξιωματικό των Ενόπλων Δυνάμεων, τον αεροπόρο Γιάννη Ταφύλλη, που μας τιμά η παρουσία του» συνέχισε ο κ. Τσίπρας. «Γιατί άραγε; Γιατί όντας αξιωματικός της Αεροπορίας, έφερε στην επιφάνεια τα περιβόητα προβλήματα της αγοράς του αιώνα - των "τυφλών" Mirage 2000. Αν έχετε το οποιοδήποτε συγκεκριμένο στοιχείο, να το καταθέσετε εκεί που πρέπει - και φαντάζομαι πως ο κ. Ταφίλης και όσοι άλλοι, θα υπερασπιστούν τον εαυτό τους με όποιο ένδικο μέσον έχουν».
Σύμφωνα με το βιογραφικό του πάντως ο κυριος Ταφύλλης, έχει τιμηθεί πέντε φορές από την Πολεμική Αεροπορία γιατί συνέβαλε στην αποκάλυψη και τεκμηρίωση σοβαρών προβλημάτων σε αεροσκάφη που παρελάμβανε η Αεροπορία την περίοδο της περίφημης «Αγοράς του Αιώνα».
Οντας Γενικός Γραμματέας του Υπουργείου Αμυνας ο Γ. Ταφύλλης κατηγορήθηκε απο δημοσιεύματα (Πρώτο Θέμα) οτι υπήρξε υπεργολάβος σε παλαιότερο πρόγραμμα αντισταθμιστικών ωφελημάτων της εταιρείας Lockheed Martin, η οποία ανέλαβε αργότερα και τον εκσυγχρονισμό των αεροσκαφών P3B-Orion της Πολεμικής Αεροπορίας, έναντι του ποσού των 500 εκατ. δολαρίων. Το δημοσίευμα προκάλεσε την αντίδραση της Νέας Δημοκρατίας που ζήτησε την απόλυσή του:
«Τεράστιο θέμα ηθικής και ενδεχομένως νομικής τάξης δημιουργεί η αποδεδειγμένη σχέση του Γενικού Γραμματέα του υπουργείου Άμυνας με εταιρεία που είχε συναλλαγές με το υπουργείο. Οι σημερινές αποκαλύψεις που συσχετίζουν την ίδια εταιρεία με την προμήθεια των 500 εκατ. ευρώ για τα αεροσκάφη του Ναυτικού, στην εκταμίευση των οποίων η κυβέρνηση απαράδεκτα επιμένει, καθιστούν την απόλυση του Γενικού Γραμματέα μονόδρομο!»
Αναλογη ανακοίνωση εξέδωσε τότε και το ΠΑΣΟΚ:
«Ένα ακόμα κρούσμα σύγκρουσης συμφερόντων για την κυβέρνηση ΣΥΡΙΖΑ -ΑΝΕΛ. Ζητάμε την απομάκρυνση του Γ.Γ του Υπουργείου Εθνικής Άμυνας γιατί η αποδεδειγμένη επαγγελματική του σχέση με εταιρία που είχε συναλλαγές με το Υπουργείο δημιουργεί θέμα ηθικής τάξεως και ενδεχομένως και νομικής. Η ώρα που ο Πρωθυπουργός θα πρέπει να δώσει τις απαιτούμενες εξηγήσεις για τους συνεργάτες της Κυβέρνησης έφτασε».
Ο Γ. Ταφύλλης διέψευσε όμως κατηγορηματικά οποιαδήποτε σχέση και εμπλοκή με τα εξοπλιστικά προγράμματα:
Δεν έχω καμία απολύτως σχέση με σύστημα που παρέλαβε η Πολεμική Αεροπορία, που κατά το δημοσίευμα τη ζημίωσε, ούτε με την όποια εταιρεία το υλοποίησε.
Απασχολήθηκα για δύο χρόνια περίπου στην εταιρεία Ελληνικά Λειτουργικά Συστήματα Α.Ε ως project manager για την ανάπτυξη πληροφοριακού συστήματος με τελικό αποδέκτη την Αεροπορία. Η σύμβαση αυτή ακυρώθηκε το 2006 από την οφειλέτρια εταιρεία (LM) και ανατέθηκε σε τρίτη.
Μετά την αποστρατεία μου εργάστηκα για τρία χρόνια ως σύμβουλος πληροφορικής στο στρατηγείο Νοτιοκεντρικής Ευρώπης και όχι σε εξοπλιστικά προγράμματα όπως διατείνεται το δημοσίευμα.
Σε ότι αφορά την καταγγελία στη Δικαιοσύνη που εμπλέκει το πρόσωπό μου, την οποία θα συνδράμω ευχαρίστως όποτε κληθώ, το δημοσίευμα παρέλειψε επιμελώς να αναφερθεί σε γνωστά στοιχεία που θα βοηθούσαν να γίνει αντιληπτό το ποιός τελικά καταγγέλλει και τι. Κατά το δημοσίευμα, η καταγγελία έγινε από τον κ. Νταβρή, απόστρατο της ΠΑ, πρώην βουλευτή και αποστάτη των ΑΝΕΛ, ο οποίος έγινε γνωστός περιφέροντας σενάρια συνομωσίας σε μεταμεσονύκτιες εκπομπές τα οποία δικαστικά συμβούλια και άλλα θεσμικά όργανα έκριναν ως παντελώς ανυπόστατα. Για την δραστηριότητα αυτή του κ. Νταβρή υπάρχει ενημερωτικό καταπέλτης προς Υπουργό Άμυνας. Τον κ. Νταβρή επικαλέστηκε ο κ. Βενιζέλος στη Βουλή όταν έκανε την υποτιθέμενη αποκάλυψη εις βάρος μου. Ο ίδιος, αφού ψήφισε ΝΑΙ για τον υποψήφιο ΠτΔ στην προηγούμενη βουλή, βρήκε θέση στο ψηφοδέλτιο της ΝΔ στην Άρτα.
Η όλη επίθεση στο πρόσωπό μου εντάσσεται σ' ένα πόλεμο υπονόμευσης και φθοράς της κυβέρνησης που εκπορεύεται από συγκεκριμένα κέντρα, τα οποία υπηρετούν συγκεκριμένα μέσα ενημέρωσης που χρησιμοποιούν τις "μονταζιέρες"τους» σε ρόλο πολιορκητικού κριού. Τους πληροφορούμε πως λάθος πόρτα χτύπησαν. Επίσης να ξέρουν πως στο σπίτι του κρεμασμένου δεν μιλάνε για σκοινί.