Μείζον πολιτικό θέμα για τον υπουργό Δικαιοσύνης Μιλτιάδη Παπαιωάννου προκαλούν οι παραιτήσεις που υπέβαλαν οι οικονομικοί εισαγγελείς Γρηγόρης Πεπόνης και Σπύρος Μουζακίτης, ζητώντας την αντικατάστασή τους από το Ανώτατο Δικαστικό Συμβούλιο.
Οι δύο εισαγγελικοί λειτουργοί φέρονται να είναι δυσαρεστημένοι από την έως τώρα αντιμετώπισή τους, ενώ αφήνουν σαφείς αιχμές στην παραίτησή τους για οικονομικά συμφέροντα που τελικά δεν τους επέτρεψαν να εκτελούν τα καθήκοντά τους. «Δεν δεχόμαστε να είμαστε εισαγγελείς υπό απαγόρευση και καθ'υπαγόρευση», φέρονται να υποστηρίζουν στην επιστολή τους. Η εξέλιξη αυτη αποτελεί μέγα πολιτικό θέμα για τον υπουργό Δικαιοσύνης καθώς φέρεται να άφησε απροστάτευτους τους δύο εισαγγελικους λειτουργούς σε πιέσεις που δέχονταν απο πολιτικοοικονομικά κέντρα για σημαντικές υποθέσεις τις οποίες χειρίζονταν. Πρέπει να σημειωθεί ότι με την πρόσφατη αλλαγή της νομοθεσίας, σοβαρές πολιτικές και οικονομικές υποθέσεις αφαιρούνται από τους Οικονομικούς Εισαγγελεις και τις αναλαμβάνει ο Αρειος Πάγος. Ανάμεσα στις υποθέσεις που χειρίζονταν οι κ.κ. Μουζακίτης και Πεπόνης ήταν η δανειοδότηση των πολιτικών κομμάτων, τα Γερμανικά υποβρύχια και οι καταγγελίες για λαθρεμπόριο καυσίμων.