Οργάνωση τύπου «Λερναίας Υδρας» φαίνεται πως έχει η τρομοκρατική οργάνωση «Πυρήνες της Φωτιάς», καθώς μετά από κάθε «χτύπημα» της ΕΛ.ΑΣ και κάθε σύλληψη μελών της οργάνωσης εμφανίζεται άλλο ένα «παρακλάδι» με νέα μέλη της οργάνωσης τα οποία κινούνται βάσει του σχεδίου «Φοίνικα».
Η οργάνωση, παρομοιάζεται με την «Λερναία Υδρα» καθώς μετά από κάθε σύλληψη όπου κόβεται και ένα «κεφάλι», εμφανίζονται σχεδόν αμέσως νέα μέλη έτοιμα να δράσουν. Οι δύο πρόσφατες συλλήψεις των δύο αντιεξουσιαστών στη Θεσσαλονίκη, αποδεικνύουν πως από το 2008 όπου άρχισαν οι πρώτες συλλήψεις των «Πυρήνων», άρχισε παράλληλα και η στρατολόγηση νέων μελών κυρίως για το επιχειρησιακό τμήμα της οργάνωσης, αναφέρει σε δημοσίευμα της η Espresso.
Στην «ανασυγκρότηση» των Πυρήνων μετά από κάθε σύλληψη, φαίνεται πως παλιά συλληφθέντα και ασύλληπτα μέλη της Συνωμοσίας παίζουν κεντρικό ρόλο καθοδηγητών ακόμη και εκπαιδευτών. Ενα ακόμη αποδεικτικό στοιχείο πως υπάρχει καθοδήγηση των Πυρήνων από τα συλληφθέντα μέλη της οργάνωσης, είναι το γεγονός πως το προσχέδιο της προκήρυξης το οποίο αναφερόταν στον «εκρηκτικό» φάκελο που στάλθηκε στον πρώην διοικητή της Αντιτρομοκρατικής, έφτασε στα χέρια ενός από τους συλληφθέντες των «Πυρήνων». Παράλληλα ο ένας από τους δύο φερόμενους τρομοκράτες της Θεσσαλονίκης, πραγματοποίησε αρκετές επισκέψεις στις φυλακές Κορυδαλλού προκειμένου να πάρει οδηγίες για την κατασκευή του τρομοδέματος και το προσχέδιο της προκήρυξης.