Είκοσι εξειδικευμένες επιτροπές προετοιμάζουν τα θέματα προς συζήτηση από όλους τους ευρωβουλευτές στις ολομέλειες του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου.
Οι τρεις εξέχουσες επιτροπές είναι η Επιτροπή Πολιτικών Ελευθεριών, Δικαιοσύνης και Εσωτερικών Υποθέσεων, η Επιτροπή Περιβάλλοντος, Δημόσιας Υγείας και Ασφάλειας Τροφίμων και η Επιτροπή Ελέγχου Προϋπολογισμού.
Μία Επιτροπή αποτελείται από 25 έως 70 ευρωβουλευτές και διαθέτει πρόεδρο, αντιπροέδρους και γραμματεία.
Η πολιτική σύσταση κάθε επιτροπής αντικατοπτρίζει εκείνη του Κοινοβουλίου ως συνόλου. Κάθε επιτροπή συνεδριάζει μία ή δύο φορές το μήνα. Οι συνεδριάσεις πραγματοποιούνται δημοσίως στις Βρυξέλλες.
Οι επιτροπές εξετάζουν και τροποποιούν τις νομοθετικές προτάσεις της Ευρωπαϊκής Επιτροπής και ξεκινούν τις σχετικές διαπραγματεύσεις με τους υπουργούς της ΕΕ. Συντάσσουν επίσης ψηφίσματα για ζητήματα επικαιρότητας.
Το Κοινοβούλιο μπορεί ακόμα να ορίσει ειδικές επιτροπές για την αντιμετώπιση συγκεκριμένων θεμάτων ή για τη διεύρυνση ισχυρισμών περί κακής διοίκησης.